Abstract

생물체의 유전자에서 발현되는 전사체를 분석하면 내부 유전적 병변 또는 외부 자극 및 변화하는 환경에 대한 세포반응을 알 수 있으며, 이를 통해 유전병 또는 암과 같은 질병을 야기하는 유전자군 발굴이 가능하다. 모든 서열 기반의 분석에 있어서 RNA-seq 데이터내의 짧은 전사체 RNA (RiboNucleic Acid) 서열들을 참조서열에 매핑하는 과정이 선행돼야 한다. 이는 수천만개의 짧은 RNA 서열들을 유전체 상에서의 순서로 정렬하는 작업이며 이는 많은 시간과 시스템자원을 필요로 한다. 이를 위해, RNA 서열들을 효과적으로 정렬하는 RNA-seq Aligner 도구들이 많이 소개되었다. 본 연구에서는 이 중 STAR RNA-seq Aligner 의 멀티코어 프로세서 환경에서의 성능 특성을 분석하였다. RNA-seq Aligner 의 성능은 최대 병렬화 수준까지는 스레드 수 증가에 따라 선형적으로 증가함을 확인하였고, 데이터셋에 따라 최대 병렬화 수준에 차이가 있음을 알게 되었다. 해당 도구의 하드웨어 자원 사용 및 주요 함수 실행 패턴을 분석하여 메인 메모리의 접근 지연시간이 성능에 미치는 영향이 매우 크다는 것을 확인하였다.